Deprese ho dohnaly k sebevraždě
Rok 1848 byl pro naše předky velkým zklamáním, s nímž se většinou vyrovnali, ale bylo mnoho těch, které to skutečně velmi trápilo. K těm, kteří byli událostmi onoho roku zdrceni, patřil P. J. Šafařík, u nějž to došlo až tak daleko, že „lekal se nyní těch špehův jako oblud nočních i o polednách bloudících, jež jak doufal v řeči své, navždy byly zničeny“, stal se „nesdílný, zadumaný do sebe“, a trpěl fobiemi a depresemi – byť nadále pilně a svědomitě pracoval. Vše vyvrcholilo dopoledne 23. května roku 1860, kdy se pokusil o sebevraždu skokem do Vltavy z Řetězového mostu Františka I., který stával v místě dnešního mostu Legií, „souseda“ Národního divadla. Naštěstí ho nedaleko pracující lodníci a pískaři zachránili, ale od té doby začal chřadnout a začátkem října požádal o uvolnění z funkce ředitele dnešní Národní knihovny. František Josef I. ho propustil vlastnoručně psaným listem a ponechal mu důchod ve výši dosavadního platu, ale Šafařík si ho bohužel dlouho neužil. Zemřel o osm měsíců později, v půl jedné odpoledne 26. června 1861 zřejmě na mozkovou mrtvici. Protože syn Vojtěch odmítl, aby byl pohřben na vyšehradském Slavíně, byly jeho ostatky uloženy „za lijáku chrlícího … strašlivé spousty vod“ na evangelickém hřbitově u karlínské Invalidovny, a po zrušení hřbitova byly roku 1900 přemístěny na český evangelický hřbitov na Olšanech (I. obecní hřbitov, hlavní cesta).